Мултикултурализмът може да бъде извинение за маргинализация, изключване и потискане. Всичко много често може да бъде повод за насилствен конфликт и дори кампания за геноцид и гражданска война. През последното десетилетие повечето конфликти по света са вътрешни по природа, свързани с етнически, културни и религиозни различия. Хора с различен етнос, история и култура имат проблеми да се разберат помежду си. Различията могат да пробудят сили, които или да искат принудителна интеграция или да пречат за нея. Освен това хората по-трудно създават отношения с хора и групи, различни от тях. Това отваря врати за расизма, национализма, религиозния и етнически фундаментализъм и е свързан с философията на апартейда, както и с етническото прочистване.